Probablement, la vila de Vinebre, originàriament, estava ubicada a la zona del Pedruscall, per tal com s’hi ha localitzat algunes restes romanes. . Encara en aquest indret, a mitjan segle XII, fou conquerida per Ramon Berenguer IV, que en va fer donació a l’Orde del Temple i va ser integrada a la comanda d’Ascó. A partir d’aquell moment, la vila patí fortament les lluites entre els Entença i els templers, fins al punt que, el 1284, els primers, sota el comandament de Guillem d’Entença, van destruir totalment la vila i l’ermita de Sant Miquel. . Arran d’aquest fet, el comanador d’Ascó va fer reedificar Vinebre en un lloc més proper al riu i més adient per a la defensa. La nova població fou anomenada Vilanova de Vinebre.
El 1691, Vinebre va aconseguir la independència administrativa i religiosa d’Ascó amb la construcció de l’església de Sant Joan Baptista. El Bisbat de Tortosa vetllava perquè els seus fidels complissin els deures eclesiàstics i assistissin a les misses. A Vinebre no hi havia temple i els vinebrans havien d’assistir a l’ofici a l’església d’Ascó. En temps d’avingudes, però, no era possible creuar l’Ebre, de manera que els habitants de Vinebre quedaven exempts d’aquests deures religiosos. Per aquest motiu es va decidir construir l’església de sant Joan Baptista i Vinebre, en ser considerada una parròquia de ple dret, va esdevenir independent.
Ja al segle XX, la població de Vinebre va patir fortament les conseqüències de la guerra civil espanyola a causa de la seva proximitat al front durant la batalla de l’Ebre. De fet, la vila fou evacuada totalment durant nou mesos, des de l’abril de 1938 fins al gener de 1939.